“要围绕建设创新型国家，认真落实国家中长期科学和技术发展规划纲要提出的目标任务”、“加快建立以企业为主体、市场为导向、产学研相结合的技术创新体系”。温家宝总理在今年的《政府工作报告》中，高度强调了创新的意义。企业创新，尤其是民营企业创新成为今年两会期间的热门话题之一。
五大难题
调查显示，一方面，我国大约70％的技术创新、65％的国内发明专利和80％以上的新产品来自中小企业，而95％以上的中小企业是非公有制企业；另一方面，我国只有万分之三的企业拥有自主知识产权核心技术，99％的企业没有申请专利，60％的企业没有自己的商标，而民营企业的比例更低。
全国政协副主席、全国工商联主席黄孟复针对这一现象，在回答媒体记者采访时，把当前民营企业自主创新中面临的最主要问题——核心技术掌控率不足归结为企业无意创新、企业无力创新、企业难以创新、企业不敢创新和企业不愿创新五方面的原因：
首先，我国民营企业自主创新意识普遍较弱，多数企业无意创新。其次，民营企业人才、技术、资金条件普遍不足，多数企业无力创新。再次，融资难、税负重、国家直接支持少，使得多数民营企业难以创新。此外，知识产权保护力度不够，市场风险大，多数民营企业不敢创新。最后，受现实利益诱惑，经营追求“短平快”，多数企业不愿创新。
向科技型企业转变
素有“企业思想家”美誉的十届全国人大代表、红豆集团董事局主席周耀庭在两会期间呼吁：民营企业必须把自主创新放在首位，民营企业要勇于向科技型企业转变。
周耀庭说，我国的绝大多数民营企业规模不大，从事的是制造、批发零售、贸易和餐饮服务等传统产业，科技含量普遍不高，特别是一些制造业，只是低水平复制产能，或者进行代加工，品牌成长缓慢或根本没有品牌，没有核心技术，赚的是辛苦钱。随着土地、劳动力成本的进一步提升，环保、能源门槛的进一步提高，这些民营企业靠着传统的方式发展会更艰辛或破产倒闭，要想改变命运惟一的出路就是要把自主创新放在首位，可以说，民营企业不创新就无法生存，不创新就没办法发展。
对于如何进行自主创新，周耀庭认为民营企业不仅可以在传统产业的基础上，通过技术创新来提高企业竞争力，还可以通过产业升级，向科技型企业转变。对于如何向科技型企业转化，周耀庭显得非常兴奋，他说，我们民营企业以中小企业居多，易于向科技型企业转变，只要看准了机会，现在的信息技术、生物技术、新材料等行业非常多，前景也非常广阔，只要有合适的技术人才及资金就可以发展。现在的许多世界名企，像微软、甲骨文等公司，都是由一项自创的爆炸性的核心技术，一跃成为全世界瞩目的大公司。
打破创新资金瓶颈
两会期间，全国工商联携下属26家行业商会，提出20多份政协提案。其中，排名前三名的提案均与“民企科技创新”有关。
这3个提案分别是由全国工商联研究室撰写的《关于改革国家科技资金管理方式与机制切实提高国际科技投入总体效率的提案》和《关于提高国家科技资金投入的三个比例充分发挥民营企业在自主创新中重要作用的提案》，以及由全国工商联经济部撰写的《关于设立科技银行的提案》。
工商联在提案中提出了增加民企科技资金投入的政策建议。工商联认为，国家财政科技资金的投入比例低和科技资金的投入产出效率低是当前国家科技投入管理中存在的两大问题，因而要提高3个资金比例：
一是在财政支出中要提高科技支出的比例，保证财政科技投入增幅明显高于财政经常性收入增幅；二是财政科技投入中要提高生产与产业技术研发的投入比例，其中主要是提高对企业技术创新的投入比例；三是在财政科技资金对企业的投入中，要提高对民营企业、中小型企业的投入比例。
而在《关于设立科技银行的提案》中，工商联认为，全国有53个国家级高新技术开发区，认定的高新技术企业有4万多家；全国民营科技企业已超过15万家。建议国家建立一种为科技企业服务的专业银行，即科技银行，为科技企业的融资提供服务。
多位委员建议，加强对企业技术创新的金融支持力度，尽快构建支持创新的多层次资本市场，尽快推出创业板；加大国家财政的支持力度；尝试开办科技银行等。
全国政协委员，全国工商联副主席辜胜阻也在全国政协十届五次会议第二次全体会议上建议，尽快构建支持创新的多层次资本市场，壮大风险投资事业，尽快推出创业板，积极发展技术产权交易市场，积极发展面向科技型企业的债券市场；引导民间资本在高新技术开发区发展社区科技银行，拓展对创新型企业的金融服务；提高中小企业创新基金的支持强度，强化创新税收扶持政策的执行力，引导政府采购向国产高技术产品倾斜。
保护民企知识产权
目前某些跨国集团专利操作“老手”与国内不法分子合伙，充分利用目前中国专利法律漏洞，侵害中国民营企业的知识产权，使民营创新企业蒙受巨大经济损失。全国政协委员、浙江树人大学教授叶宏明为此呼吁，建议全国人大常委会尽快讨论并通过新修改的《专利法》。
叶宏明委员指出，跨国集团强占民营企业自主知识产权专利成果的惯用伎俩主要有：一、假借专利侵权之名把创新成长型对手扼杀摇篮中；二、制造空壳公司，采取群狼战术掠夺专利科技成果；三、采取群狼战术抢夺瓜分成果进行低价竞争，导致专利人血本无归；四、利用“审查指南”漏洞，用车轮战术争夺专利黄金时期拖垮专利权人；五、利用民企受法律私权限制，用豆腐渣工程严重危害专利转化及专利年限。
叶宏明委员建议，国家知识产权局在修改《专利法》中，增加刑事打击恶意侵权的条款，对恶意侵权者造成专利权人重大经济损失的，依法追究刑事责任，并追究法人和责任当事人个人经济赔偿责任，罚没其非法所得；增加免赔条款，对无意中涉及专利侵权，被告知后及时停止的非恶意侵权行为，可通过行政调解，免于处罚和赔偿。